Dedicada a San Miguel Arcángel ha sido totalmente restaurada después de la última Guerra.
Mantiene al exterior unos muros de mampostería y ladrillo tanto en su cuerpo de nuevo como en la torre situada al lado izquierdo forma constructiva de su pasado barroco, ya que la torre porta la fecha de 1693.
En cuanto al interior, muy renovado, producen extraño efecto, pues las naves y el presbiterio conservan en parte el tipo barroco al que pertenece, pero sin embargo presenta una cubierta plana en el interior de la nave central con un casquete en el centro, estucada y dorada. En los nuevos altares se sitúan imágenes modernas que han sustituido a las antiguas.
Con respecto a la antigüedad de la iglesia quedan pocos datos; el más fiable es la breve mención de las Relaciones de Felipe II, y una lápida sepulcral del s.XVI que en la actualidad se sitúa en el vestíbulo de la actual iglesia y que dice: “Aquí está sepultado el muy reverendo Sr. Protonotario Gregorio Balaguer de Salcedo, camarero que fue del Papa Paulo III y de Julio III, cura de esta iglesia, falleció a 15 días de mayo de 1556. Puso esta memoria su hermano Luis Salcedo, cura de esta iglesia y dotó una misa cantada el día de San Gregorio perpetua por el ánima de su hermano”. A los lados, escudos de Paulo III y Julio III y el de Gregorio Balaguer.
En el lado izquierdo del Evangelio, se encuentra la capilla del Cristo de la Vera-Cruz que junto con la Virgen de Valverde son las imágenes de mayor devoción de Fuencarral.
Pero vamos al origen de este Cristo. Existe una antigua leyenda también recogida por Cantó:
“ El 24 de abril de 1547, durante la batalla de Mulhbrg, Carlos I divisó colgado de un árbol un Cristo cuyo pecho había sido atravesado de un arcabuzazo. Apeóse el emperador de su cabalgadura y, después de adorar breves momentos la imagen cargó en desagravio, con tal furia contra el enemigo, que al llegar el ocaso, fue suya la victoria. Al regresar a España, en 1556, trajo consigo la imagen, guardándola en su poder hasta que se retiró a Yuste, dejando el crucifijo en El Pardo. Pasó después la imagen a manos de Don Antonio Pérez de Guzmán, capitán del emperador, el cual a su muerte en 1565, donó la imagen a la iglesia de Fuencarral.
Más tarde fue colocada en la Ermita del Humilladero, junto al Camino Real, la cual, por este motivo, ostentó mucho tiempo las armas imperiales.
Dicen que fueron causas poco claras por las que se destruyó la ermita. Y éste fue el motivo por el cual las gentes de Fuencarral construyeron la capilla, que en la iglesia contiene el Cristo, al cual a partir de la fecha se le denominó de la Vera-Cruz. Se creó una Hermandad y que se inició el culto público hasta hoy día”.
De cómo era ésta capilla antes de la guerra del 1936-9, tenemos que recurrir a descripciones; pues fue totalmente destruida igual que el Cristo y los dos altares laterales que se citan “con buenas imágenes” (según Benavente y Barquín, a pesar de que sus criterios artísticos no parecen muy fiables; dice: “En ésta capilla imperan las columnas salomónicas y su estilo churrigueresco pertenece al renacimiento”).
La restauración ha mantenido la primitiva estructura barroca, cubierta con la gran cúpula.